Folding Home pc e calcolatori prestati al servizio della ricerca

Folding@home (talvolta abbreviato come FAH o F@h) è un progetto che utilizza il calcolo distribuito per simulare e studiare diversi fenomeni, quali il ripiegamento delle proteine, la progettazione di farmaci e altri tipi di dinamiche molecolari. Il progetto usa la potenza di calcolo inutilizzata di migliaia di PC di proprietà di volontari, che hanno deciso di installare e di eseguire un apposito software sul proprio computer. Il suo scopo principale è quello di determinare i meccanismi di ripiegamento delle proteine, che è il processo mediante il quale le proteine raggiungono la loro struttura tridimensionale finale, e di esaminare le cause che portano ad errati ripiegamenti delle stesse. Quest'ultimo fenomeno è di notevole interesse nella ricerca medica, in quanto ha implicazioni dirette su molte patologiela malattia di Huntington e molte forme di cancro, oltre ad altre malattie e sul calcolo delle proteine. In misura minore Folding@home cerca anche di prevedere la struttura finale di una proteina e di determinare come altre molecole vadano ad interagire con essa, un'attività molto utile per la ricerca farmacologica. Folding@home è sviluppato e gestito dal laboratorio Pande alla Stanford University, sotto la direzione del professor Vijay Pande, ed è condiviso da varie istituzioni scientifiche e laboratori di ricerca in tutto il mondo.

Il progetto è stato pioniere nell'uso nel calcolo distribuito di schede video e console da gioco, più precisamente la PlayStation 3. La metodologia di simulazione impiegata, basata sulla statistica, rappresenta un cambiamento di paradigma rispetto ai tradizionali approcci computazionali. Il software in esecuzione sui computer dei volontari si collega ad un server, dal quale ricevono dei pacchetti (work unit), un piccolo frammento di una simulazione completa, effettuano su tale pacchetto i calcoli richiesti e restituiscono il risultato ai server del progetto, dove dette work unit vengono assemblate nella simulazione completa. I volontari possono tenere traccia dei loro contributi sul sito web Folding@home sotto forma di un punteggio basato sul lavoro totale svolto, il che rende la partecipazione dei volontari competitiva ed incoraggia il coinvolgimento a lungo termine.

 

Folding@home è uno dei sistemi di calcolo più veloci del mondo, con una velocità di circa 40 petaFLOPS, ovvero più potente di tutti i progetti in esecuzione sulla piattaforma di calcolo distribuito BOINC messi insieme. Il progetto è stato anche il simulatore di dinamica molecolare più potente del mondo fino alla metà del 2011. Queste caratteristiche hanno consentito di effettuare simulazioni molto più complesse e lunghe di quanto precedentemente realizzato con strutture informatiche tradizionali.

 

 Dal suo lancio il 1º ottobre 2000, il laboratorio di Pande ha prodotto 109 articoli di ricerca scientifica basati sull'attività di Folding@home. Le prove sperimentali in seguito realizzate concordano con i risultati delle simulazioni.
MARTINO